یکی از مسائل مناقشه‌برانگیز تاریخ صدر اسلام، مسئله بیعت امیرالمؤمنین علی (علیه‌السلام) با ابوبکر ‏است. بیعت در منابع فقهی و تاریخی دارای شرایط و لوازم مشخصی است که تحقق آن را منوط به اختیار واقعی ‏فرد و پذیرش مشروعیت طرف مقابل می‌کند و هرگونه نقص در این شرایط، اعتبار و مشروعیت بیعت را از بین ‏می‌برد. بررسی شواهد تاریخی نشان می‌دهد که این شرایط در مورد حضرت علی علیه‌السلام رعایت نشده و ‏بنابراین تحقق بیعت طبق معیارهای معتبر امکان‌پذیر نبوده است. با توجه به شرایط حساس پس از وفات پیامبر ‏صلی‌الله‌علیه‌وآله و تهدیداتی که می‌توانست جامعه اسلامی را از هم بپاشد و زمینه را برای تسلط دشمنان و ‏کافران فراهم کند، حضرت علی علیه‌السلام برای حفظ اسلام و جلوگیری از پایمال شدن تلاش‌های فراوان ‏پیامبر، به نوعی با ابوبکر مصالحه کردند. این اقدام صرفاً برای تأمین مصالح کلان دین و جلوگیری از آسیب به ‏جامعه اسلامی انجام شده و هرگز به معنای پذیرش مشروعیت خلافت او نبوده است. حتی اگر برخی گزارش‌ها ‏‏«بیعت» را صرفاً به عنوان «دست دادن» تعبیر کنند، این عمل نیز از روی اجبار و اکراه صورت گرفته و فاقد ‏اعتبار و مشروعیت است. بنابراین، بیعت حضرت علی علیه‌السلام با ابوبکر، اگر هم ظاهراً رخ داده باشد، نه معتبر ‏است و نه می‌تواند مبنای اثبات خلافت او قرار گیرد. شواهد تاریخی و تحلیل شرایط آن دوره نشان می‌دهد که ‏هرگونه اقدام ظاهری تنها به عنوان یک مصالحه اضطراری برای حفظ اسلام و جلوگیری از آسیب به جامعه ‏اسلامی قابل فهم است و نه پذیرش مشروعیت سیاسی.